2016 QM3는 유로6 기준을 충족시키는 것이 가장 큰 특징이다. 엔진 출력은 90마력으로 기존과 동일하며, 연료 소비와 배기가스를 절감하는 오토 스탑 앤 스타트 시스템이 탑재됐지만 복합연비는 기존 18.5km/L에서 17.7km/L로 소폭 하락했다. 그 외에는 사이드 브레이크 조작 공간 확대, 이동식 컵홀더 제공, 등받이 각도조절 레버 신규 적용 등으로 편의성을 개선했다.
LE 트림과 RE 시그니처 트림의 가격이 소폭 인상된 2016 QM3의 기본 판매 가격은 SE 2,239만원, LE 2,352만원, RE 2,450만원, RE 시그니처 2,533만원이다.